清朝入主中原后，視東三省為龍興之地，實(shí)行一系列封禁政策，禁漢人流入，將望奎指為索倫人圍場(chǎng)，允許索倫布族狩獵朝貢。
清光緒二十三年（1897），地域解禁，漢人方接踵而來。
光緒三十一年（1905），設(shè)海倫廳，為專管漢人之機(jī)關(guān)。
“光緒三十四年”(1908)，海倫直屬?gòu)d改為海倫府，同時(shí)，改雙龍城官辦為望奎鎮(zhèn)，并沿用至今。
民國(guó)初年，望奎屬海倫縣西南鄉(xiāng)。
1913年，因之商民云集，市面日興，舊有街基展放，經(jīng)士紳肖士德、王連科等稟請(qǐng)?jiān)O(shè)治，未準(zhǔn)。
中華民國(guó)成立后,隸屬海倫縣管轄。
1916年春,黑龍江省長(zhǎng)公署批準(zhǔn),將海倫縣南部三道烏龍溝以南地區(qū)劃出,設(shè)置望奎設(shè)治局。
設(shè)治員嚴(yán)兆霖于同年9月20日抵望奎設(shè)局開辦,啟用關(guān)防"。
1918年2月11日,奉令將望奎設(shè)治局改為望奎縣,列為二等縣。
隸屬綏蘭道。
1929年2月,撤銷道制,由黑龍江省直轄。
東北淪陷后,初隸黑龍江省,1934年12月改隸濱江省。
1939年6月,劃歸新設(shè)之北安省管轄。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后,劃歸黑龍江省管轄。
1947年2月,隸屬黑嫩聯(lián)合省第三專區(qū)管轄,同年9月復(fù)歸黑龍江省管轄。
1956年3月,劃歸綏化專區(qū),1958年8月改由松花江專區(qū)管轄。
1965年6月,松花江專區(qū).更名為綏化專區(qū),望奎縣隸屬綏化專區(qū)。
1999年12月28日，國(guó)務(wù)院國(guó)函〔1999〕154號(hào)文件同意黑龍江省撤銷綏化地區(qū)，設(shè)立地級(jí)綏化市。
望奎縣歸地級(jí)綏化市所轄。
一直沿用至今。