1930年已形成聚落。
東北淪陷后，屬鐵驪縣管轄。
1939年4月，設(shè)神樹村。
1943年7月，屬慶安縣。
1946年恢復(fù)鐵驪縣，設(shè)立神樹區(qū)。
1951年9月，改稱鐵驪縣第三區(qū)。
1955年5月，又改為神樹區(qū)。
1956年全縣并村劃鄉(xiāng)，神樹為14個鄉(xiāng)之一。
同年11月，屬鐵力縣。
1958年3月，將圣浪鄉(xiāng)并入神樹鄉(xiāng)。
同年9月，改神樹公社，隸屬慶安縣。
1962年10月鐵力恢復(fù)縣制，神樹公社重歸鐵力縣管轄。
1964年，將神樹公社改為神樹鎮(zhèn)公社。
1965年又恢復(fù)為神樹公社。
1977年1月，神樹公社改為神樹鎮(zhèn)。
1988年，屬鐵力市。
2001年3月，神樹鎮(zhèn)并入桃山鎮(zhèn)。
2018年5月恢復(fù)神樹鎮(zhèn)。