清光緒二十九年(1903)，中東鐵路建成后，哈爾濱被辟為商埠，清光緒三十年(1904)，中東鐵路局將哈爾濱劃為新市街新埠頭、舊埠頭和老哈爾濱四個區(qū)，南崗區(qū)歸屬新市街警察署。
1937年7月后，南崗地區(qū)設(shè)南崗、馬家兩個區(qū)事務(wù)所。
1946年哈爾濱解放,于1947年按舊的行政區(qū)域劃分，組建了南崗、馬家兩個區(qū)，1949年將南崗、馬家兩區(qū)合并為南崗區(qū)公所，1950年南崗區(qū)公所改為南崗區(qū)人民政府。
南崗區(qū)名稱沿用至今。
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