清代，屬寧古塔副都統(tǒng)管轄。
清光緒八年（1882），設置穆棱河屯田局，駐釣魚臺“卡倫舊房”（今穆棱鎮(zhèn)南）。
清光緒九年（1883），改設穆棱河招墾局，移駐上城子（今興源鎮(zhèn)）。
清光緒二十七年（1901），中東鐵路通車設站，稱“九站”。
此后墾民日漸增多，大批俄國人也乘機流入，設屯建宅定居，商業(yè)漸趨繁茂。
清宣統(tǒng)元年（1909）隸屬穆棱縣管轄。
1912年，屬第一警察區(qū)。
1922年劃為第五區(qū)。
1923年改設穆棱站鎮(zhèn)。
1927年改稱偏臉河鎮(zhèn)。
1933年設穆棱站保。
1938年10月，偽穆棱縣公署移駐于此，1939年1月改稱穆棱街。
1946年4月，設置穆棱區(qū)。
1947年1月劃歸南穆棱縣（后改穆棱縣），為縣政府駐地。
1947年10月穆棱縣政府移駐八面通后，設置穆棱區(qū)，1949年2月改為第五區(qū)。
1956年3月，撤區(qū)劃鄉(xiāng)，分設穆棱鎮(zhèn)和泉眼、河南2鄉(xiāng)。
1958年9月，穆棱鎮(zhèn)與泉眼、河南2鄉(xiāng)合并成立穆棱人民公社。
1964年9月，將鎮(zhèn)外泉眼等11個生產大隊劃出組建九站人民公社。
1965年6月撤銷九站人民公社，并入穆棱人民公社。
1972年8月，將共和、牛心、太平、新河4個生產大隊劃歸新組建的共和人民公社。
1980年9月，撤銷穆棱人民公社，設置穆棱鎮(zhèn)。
名稱沿用至今。