清初，齊齊哈爾駐有水師營，此地借用水師為名。
是時，水師營一帶已有小阿勒街屯、大巴爾虎屯、小巴爾虎屯等，隸屬齊齊哈爾副都統(tǒng)管轄。
清末，先后隸屬黑水廳和龍江府管轄。
中華民國時期，隸屬龍江縣管轄。
東北淪陷后期，水師營一帶，分隸大民村和小阿拉街村。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，1946年6月，劃歸龍東縣管轄。
1948年3月撤銷龍東縣，復歸龍江縣，隸屬第十一區(qū)管轄。
1951年7月，劃歸齊齊哈爾市,隸屬農村區(qū)管轄,1954年10月改隸榆樹屯區(qū)。
1956年5月，并村劃鄉(xiāng)，設置水師營鄉(xiāng)。
1958年12月，改稱和平人民公社水師管理區(qū)。
1961年8月,并入大民農業(yè)分社。
1962年從大民農業(yè)分社劃出設置水師營農業(yè)分社。
1965年改為水師營公社,隸屬郊區(qū)管轄。
1973年劃歸昂昂溪區(qū)管轄。
1984年1月，改為水師營鄉(xiāng)。
1990年9月，改設水師營滿族鎮(zhèn)。
名稱沿用至今。