南董鎮(zhèn)系藁城縣八大自然鎮(zhèn)之一。
明，屬堤里社。
清，設(shè)南董營。
民國，全縣劃分五個區(qū)，屬三區(qū)（西區(qū)）。
1938年4月，藁城縣抗日民主政府成立，全縣劃分八個區(qū)，歸六區(qū)。
1947年11月，藁城縣恢復(fù)原建制，先后劃分八、十三個區(qū)，先后為六、八區(qū)管轄。
中華人民共和國成立后，先后劃分十、七個區(qū)，先后為六、五區(qū)管轄。
1953年7月，全縣劃分96個鄉(xiāng)，設(shè)南董鎮(zhèn)，下轄2村。
1955年改稱南董區(qū)南董鎮(zhèn)。
1956年6月撤區(qū)并鄉(xiāng)，設(shè)南董鄉(xiāng)，下轄8村。
1958年，“人民公社化”時，設(shè)南董人民公社，下轄36村。
1961年5月，縮小公社規(guī)模，設(shè)南董人民公社，下轄6生產(chǎn)大隊(duì)。
1984年1月，公社改鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制，改稱南董鄉(xiāng)，6月，改為南董鎮(zhèn)，下轄6個村民委員會。
1996年撤鄉(xiāng)擴(kuò)鎮(zhèn)，撤銷四公鄉(xiāng)、并入南董鎮(zhèn)，下轄16村民委員會至今。