據清《崖州志》載，宋開寶五年（972年）振州（今三亞一帶）改為崖州，隸瓊州。宋熙寧六年（1073年），改崖州為珠崖軍。宋政和七年（1117年），改珠崖軍為吉陽軍。明清兩代則一直沿用“崖州”。歷經建置沿革變遷，崖城古鎮(zhèn)一直是歷代州、軍治和民國政府所在地。
1950年崖縣解放，崖縣人民政府在崖城成立。
1954年建崖城鎮(zhèn)，1958年改立炮艇公社，1984年復置鎮(zhèn)。
2001年8月，崖城鎮(zhèn)、保港鎮(zhèn)、梅山鎮(zhèn)、雅亮鄉(xiāng)合并，設立崖城鎮(zhèn)。
2014年1月25日，國務院批復同意海南省撤銷三亞市所轄六鎮(zhèn)，新設四個市轄區(qū)。其中同意撤銷三亞市崖城鎮(zhèn)，設立三亞市崖州區(qū)，以原崖城鎮(zhèn)的行政區(qū)域為崖州區(qū)的行政區(qū)域，崖州區(qū)人民政府駐水南大道288號。
2014年10月23日，三亞市人大常委會第二十五次會議決定：分別成立三亞市吉陽區(qū)、海棠區(qū)、天涯區(qū)、崖州區(qū)第一屆人民代表大會籌缸椋涸鴣銼父鞅廄諞喚烊嗣翊澩蠡嵯喙厥亂恕�
2015年1月2日，三亞市崖州區(qū)舉行成立大會暨揭牌儀式，崖州區(qū)黨委、區(qū)人大、區(qū)政府正式掛牌成立。