石阡村村民委員會，明萬歷二十九年（1601）后屬德溪里，清光緒三十一年（1905）后屬南區(qū)，1928年后屬鳳儀區(qū)（一區(qū)）。
解放初為瑞溪大鄉(xiāng)的六、七村，1953年建石阡鄉(xiāng)，1958年公社化時為石阡管理區(qū)，后改為石阡公社。
1984年隸屬鳳儀區(qū)，改稱為村。
1992年7月，將原鳳儀區(qū)所轄的燕子壩、三把車、石阡、柏壩、瑞溪、木盆寺6個鄉(xiāng)合并組建瑞溪鎮(zhèn)，石阡村隸屬瑞溪鎮(zhèn)。
2003年小村合成大村時，由原石阡管理區(qū)的墨石村、樓房村、高家菁村三個小村組成現(xiàn)石阡村。