夏商為荊州之域，周朝時屬楚，秦朝時屬黔中郡，漢朝時屬武陵郡，魏晉南北朝初屬武陵郡，后屬東牂牁郡，隋朝時屬辰州，唐朝時屬錦州，宋朝時屬沅州。
元至元十四年（1277），置大萬山蘇葛辦等處軍民長官司，屬于思州宣慰司。
明朝洪武初，萬山、黃道、施溪等3個土司隸屬關(guān)系沿元未變。
洪武五年六月十三日（1372），大萬山司隨思州宣慰司改屬湖廣行��；施溪漾頭司遷治平地寨，改稱施溪長官司，隸屬湖廣沅州衛(wèi)，洪武六年（1373），又改屬于思州慰司。
洪武二十五年（1392），以務(wù)程龍鰲、坪岳溪、都坪等蠻夷長官司并入黃道溪長官司，遷治武陵坪（今黃道侗族鄉(xiāng)街上平溪寨），仍隸屬思州宣尉司。
后思州宣尉使田琛與思南宣尉使田宗鼎爭砂坑有怨，舉兵相攻，琛稱天主，朝廷敕鎮(zhèn)遠(yuǎn)侯顧成以兵彈壓。
事平，革除思州、思南二宣尉司，設(shè)貴州布政使司。
以思州宣尉司地置思州、黎平、新化、石阡4府，以思南宣尉司地置思南、銅仁、烏羅、鎮(zhèn)遠(yuǎn)4府，上述8府均隸屬貴州布政使司。
永樂十二年三月二日（1414），大萬山長官司劃屬銅仁府管轄，黃道溪長官司，施溪長官司劃屬思州府管轄。
清朝實行“土改歸流”的政策，自雍正以后，土司大部分被裁撤，大萬山長官司由銅仁府派流官直接管理黃道溪長官司和施溪長官司由思州府派流官直接管理。
光緒六年八月二十六日（1880）貴州巡撫岑毓英奏準(zhǔn)，將銅仁縣移治江口，而將省溪司（今江口縣）流官吏目改駐大萬山，于是大萬山又名省溪，治萬山城內(nèi)（今解放街），仍隸屬銅仁府。
1913年，設(shè)置省溪縣。
省溪縣成立初隸屬貴州省黔東道（又名鎮(zhèn)遠(yuǎn)道）。
1923年，廢黔東道，省溪縣直隸于貴州省政府。
1935年，省溪縣隸屬第九行政督察區(qū)，專員公署駐銅仁。
1937年，銅仁改稱第六、七兩個行政督察區(qū)合并成立新的第一行政督察區(qū)，專員公署駐鎮(zhèn)遠(yuǎn)，省溪縣隸屬第一行政督察區(qū)。
1941年，撤銷省溪縣，其轄地并入玉屏縣和銅仁縣。
1949年，屬玉屏縣第六區(qū)。
1958年12月劃屬銅仁縣，建萬山公社。
1961年8月，又劃屬玉屏縣恢復(fù)萬山區(qū)。
1966年2月22日，設(shè)立萬山特區(qū)隸屬銅仁地區(qū)。
1968年9月24日，撤銷萬山特區(qū)，建立萬山鎮(zhèn)，直屬銅仁地區(qū)。
1970年8月8日，恢復(fù)萬山特區(qū)。
仍屬銅仁地區(qū)。
2011年11月，國務(wù)院批復(fù)同意撤銷銅仁地區(qū)設(shè)立地級銅仁市，設(shè)立萬山區(qū)。