木耳原屬孟溪鄉(xiāng)公所第五行政村；1953年6月，木耳小鄉(xiāng)成立，木耳村隨之建制；1959年9月，木耳鄉(xiāng)改管理區(qū)，木耳村更名為生產(chǎn)大隊(duì)屬之；1966年，木耳、河口、芭茅三生產(chǎn)大隊(duì)合并組建為前鋒生產(chǎn)大隊(duì)；1976年10月，木耳與前鋒分治而為木耳生產(chǎn)大隊(duì)；1984年1月，木耳人民公社撤銷改建為木耳鄉(xiāng)，木耳生產(chǎn)大隊(duì)改建為村；19920年6月，撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，木耳隨之劃入孟溪鎮(zhèn)管轄；2007年12月，芭茅村與木耳村合并為木耳村，2013年12月撤分村，分出木耳村。
現(xiàn)屬孟溪鎮(zhèn)管轄。