民國(guó)時(shí)期,實(shí)行新憲制,改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)(鎮(zhèn)),隸屬板壩鄉(xiāng);1958年,建立巧馬生產(chǎn)大隊(duì),成立巧馬生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì),隸屬巧馬區(qū)巧馬公社;1984年,冊(cè)亨縣行政區(qū)劃變動(dòng),巧馬生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì)更名為巧馬村民委員會(huì),隸屬巧馬鄉(xiāng);1991年,實(shí)行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū),孔屯鄉(xiāng)、者告鄉(xiāng)、板壩鄉(xiāng)和巧馬鄉(xiāng)的納賢村、巧馬村合并為巧馬鎮(zhèn),巧馬村委會(huì)隸屬巧馬鎮(zhèn);1998年,巧馬村委會(huì)隸屬巧馬鎮(zhèn);2007年,實(shí)行村級(jí)整合,巧馬村委會(huì)隸屬巧馬鎮(zhèn);2016年,行政區(qū)劃調(diào)整,巧馬村委會(huì)隸屬巧馬鎮(zhèn)。