民國(guó)時(shí)期，實(shí)行新憲制，改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），隸屬丁里鄉(xiāng)；1958年，建立納院生產(chǎn)大隊(duì)，成立納院生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì)，隸屬雙江區(qū)壩賴(lài)公社；1984年，冊(cè)亨縣行政區(qū)劃變動(dòng)，納院生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會(huì)更名為納院村民委員會(huì)，隸屬壩賴(lài)鄉(xiāng)；1991年，實(shí)行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)，壩賴(lài)鄉(xiāng)、路吉鄉(xiāng)和打賓鄉(xiāng)的頂肖村、偉俄村、打賓村合并為壩賴(lài)鎮(zhèn)，納院村委會(huì)隸屬壩賴(lài)鎮(zhèn)；1998年，納院村委會(huì)隸屬壩賴(lài)鎮(zhèn)；2005年，壩賴(lài)鎮(zhèn)更名為雙江鎮(zhèn)，納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn)；2007年，實(shí)行村級(jí)整合，將納院村和偉俄村合并為納院村，納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn)；2016年，行政區(qū)劃調(diào)整，將達(dá)央鄉(xiāng)和雙江鎮(zhèn)合并為雙江鎮(zhèn)，納院村委會(huì)隸屬雙江鎮(zhèn)。