唐代，為北遐峒、北遐寨地。
宋代，為馴州地。
明代，為龍門土舍。
清雍正七年（1729年），設龍門巡檢司，管轄北牙、北山2圩及42個村。
清光緒三十年（1904年），巡檢司裁廢，清宣統(tǒng)二年（1910年），劃為宜山縣第五區(qū)（北牙區(qū)）。
民國二十二年（1933年），設有北牙鄉(xiāng)，屬宜山縣懷遠區(qū)。
1949年，設北牙區(qū)。
次年，設為第六區(qū)。
1957年，復為北牙鄉(xiāng)。
1958年，設紅光公社。
1962年，復為北牙區(qū)。
1966年，復為北牙公社。
1984年，北牙公社改鄉(xiāng)，并分出部分村屯另設拉利鄉(xiāng)。
1986年11月，成立北牙瑤族鄉(xiāng)。
1987年8月份，析出部分村屯歸新設之同德鄉(xiāng)。
2016年12月，國務院批準撤銷宜州市設立宜州區(qū)，北牙瑤族鄉(xiāng)屬宜州區(qū)。