1935年為懷德、有文2村，屬羅城縣三防區(qū)公義鄉(xiāng)。
1952年11月26日，懷德、有文2村合設(shè)本洞鄉(xiāng)，屬大苗山苗族自治區(qū)三防壯族自治區(qū)。
1955年屬大苗山苗族自治縣三防壯族自治區(qū)。
1958年改大隊，屬三防公社。
1962年改公社，屬三防區(qū)。
1966年屬融水苗族自治縣三防區(qū)。
1968年改大隊，屬三防公社。
1980年析出洞馬大隊。
1984年改本洞村，設(shè)本洞村民委員會，屬三防鎮(zhèn)。
1987年改設(shè)本洞村公所。
1996年復(fù)設(shè)本洞村民委員會，沿用至今。