平果縣古為百越地。
秦屬象郡地。
漢、三國(guó)屬郁林郡增食縣地。
晉、南北朝屬晉興郡增翊縣地。
隋為宣化縣地，屬郁林郡。
唐開(kāi)元二年（714），置羈縻州萬(wàn)德州（今坡造鎮(zhèn)歸德屯）、思恩州（今舊城鎮(zhèn)興寧街），屬邕州。
開(kāi)元中（713-741），置羈縻縣都救縣，屬田州。
五代沿襲唐制。
萬(wàn)德州、思恩州均屬南漢，都救縣屬田州。
宋初始沿襲唐和五代制。
北宋仁宗天圣年間（1023-1032），置羈縻州果化州，治所在今平果縣城西北果化鎮(zhèn)。
皇祐五年（1053），置都陽(yáng)寨（今坡造鎮(zhèn)都陽(yáng)村），屬邕州；置那海堡（今海城鄉(xiāng)）、丹良堡（今馬頭鎮(zhèn)雷感村江州屯），屬田州。
北宋置恩誠(chéng)州，治平果縣北榜圩，屬邕州。
熙寧中（1068-1077），改萬(wàn)德州為歸德州。
始興三年（1133）都救縣改稱黨佳縣，屬田州。
元先后將府、州改為路，羈縻州、縣改為土州、土縣。
羈縻縣黨佳縣先改為都救土縣，后廢。
元末，境內(nèi)思恩、恩城、歸德、果化4個(gè)土州及寨、堡，屬田州路。
明洪武二年（1369），思恩、恩城、歸德、果化4個(gè)土州改屬田州府。
永樂(lè)二年八月（1404），思恩土州直隸廣西承宣布政使司。
明正統(tǒng)四年（1439），思恩土州升為思恩府，府治由今平果江北舊城遷至今馬山縣喬利圩附近。
正統(tǒng)六年（1441）十一月，思恩府改為思恩軍民府。
弘治五年（1492），恩城土州廢。
弘治（1488-1505）末，思恩軍民府改土歸流為思恩府。
弘治十八年（1505），歸德、果化2個(gè)土州改隸南寧府。
嘉靖七年（1528），思恩府增置舊城、下旺（今海城鄉(xiāng)）、白山（治所在今馬山縣白山鎮(zhèn)）等9個(gè)土巡檢司，遷治今武鳴縣府城鎮(zhèn)。
清歸德、果化2個(gè)土州屬南寧府，舊城、下旺、白山3個(gè)土司和上林土縣屬思恩府。
光緒二年（1876），上林土縣、下旺土司改隸百色直隸廳。
1913年，歸德、果化2個(gè)土州和舊城、白山2個(gè)土司屬邕南道。
下旺土司、上林土縣屬田南道。
1915年，并果化土州、歸德土州及舊城土司、析白山、下旺等土司部分地方，改土歸流合置果德縣，各取一字命名，縣治平果西北果化，后改治馬頭街，屬南寧道。
1918年，上林土縣、下旺土司改土歸流合置思林縣，屬田南道。
1927年，廢道，果德、思林2縣直隸廣西省政府。
1930年，果德縣屬賓陽(yáng)民團(tuán)區(qū)，思林縣屬恩隆民團(tuán)區(qū)。
1932年4月，果德、思林2縣改屬百色民團(tuán)區(qū)，隨后果德縣改屬南寧民團(tuán)區(qū)。
1933年7月，思林縣改屬天保民團(tuán)區(qū)。
1934年3月，果德縣改屬南寧行政監(jiān)督區(qū)，思林縣改屬天保行政監(jiān)督區(qū)；同年12月，思林縣易名平治縣，縣治榜圩街，改屬百色行政監(jiān)督區(qū)。
1936年10月，平治縣改屬南寧行政監(jiān)督區(qū)。
1939年2月，果德、平治縣改屬武鳴行政監(jiān)督區(qū)。
1940年4月，果德、平治2縣改屬?gòu)V西省第八行政督察區(qū)。
1942年3月，果德、平治2縣改屬?gòu)V西省第四行政督察區(qū)。
1948年10月，果德、平治2縣改屬?gòu)V西省第十一行政督察區(qū)。
1949年，平治、果德2縣屬武鳴專區(qū)。
1951年，撤武鳴專區(qū)，平治、果德2縣改屬百色專區(qū)。
1951年（時(shí)政務(wù)院批準(zhǔn)時(shí)間為1952年8月11日），平治、果德兩縣合并，各取一個(gè)字命名，治今馬頭鎮(zhèn)，屬百色專區(qū)。
1952年，屬桂西僮族自治區(qū)百色專區(qū)。
1956年，屬桂西僮族自治州百色地區(qū)。
1958年屬百色專區(qū)。
1971年，屬百色地區(qū)。
2002年，百色撤地設(shè)市，改屬百色市。
2019年11月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷平果縣設(shè)縣級(jí)平果市。