明清時(shí)期，六巷隸屬柳州府象縣。
清宣統(tǒng)元年（1909年），瑤山內(nèi)設(shè)4個(gè)瑤團(tuán)，六巷為一個(gè)瑤團(tuán)。
民國二十九年（1940年），國民黨金秀設(shè)治局時(shí)稱六巷鄉(xiāng)為東南鄉(xiāng)。
1952年，前屬象州縣管轄。
1952年5月，成立大瑤山瑤族自治區(qū)（縣級）時(shí)，六巷為大瑤山長地區(qū)管轄。
1953年3月，六巷從長地鄉(xiāng)析出設(shè)立第七區(qū)。
1955年11月，改稱為六巷區(qū)。
1958年8月，成立六巷紅旗人民公社。
1962年8月，撤六巷公社，恢復(fù)六巷區(qū)。
1968年12月，復(fù)稱六巷公社。
1984年10月，改為六巷鄉(xiāng)人民政府。