馬頭鎮(zhèn)墟市始建于清初，位于福水、烏石崗、軍屯地交界處的新豐江畔，因墟鎮(zhèn)的西北有一小山，形似馬頭而得名。
1959年因國家建設(shè)新豐江水庫，墟市屬水淹區(qū)，故遷移至湖塘村建新墟，并建鎮(zhèn)治所。
馬頭鎮(zhèn)屬地在明清時(shí)屬長吉都的黃猄牙約、錫場(chǎng)約、嚴(yán)層約。
民國時(shí)期屬二區(qū)。
新中國成立后，屬第二區(qū)（1957年6月大席劃歸連平縣管轄）。
1958年撤區(qū)改鄉(xiāng)時(shí)屬馬頭鄉(xiāng)（層坑鄉(xiāng)于1958年1月與馬頭鄉(xiāng)合并為馬頭鄉(xiāng)），后改為馬頭公社。
1962年6月，大席劃回馬頭公社管轄。
1983年撤公社建區(qū)時(shí)，改為馬頭區(qū)。
1986年12月，改為馬頭鎮(zhèn)。
2005年12月，石角鎮(zhèn)屬地與大席鎮(zhèn)屬地并入馬頭鎮(zhèn)。