宋、元、明、清四代，黃岡鎮(zhèn)一直為粵東軍事重鎮(zhèn)。
據(jù)《三陽(yáng)志》記載，宋淳祐癸卯年間（1243年），潮州知府鄭良臣奉旨在黃岡創(chuàng)立城寨；李遇繼任知州后，便增設(shè)軍房，以石砌城，至己巳年（1245年）完成，屯兵百名。
宋代的黃岡城寨，為潮州府重要軍事門戶，轄至鮀浦水軍寨。
明洪武三年（1370年），置黃岡巡檢司。
明成化十三年（1477年）屬宣化都黃岡堡。
明嘉靖戊申年（1548年），因�？苒`蹂，居民余廷仁等呈請(qǐng)當(dāng)?shù)乐怯堋?/p>
潮州知府郭春震重建。
城內(nèi)外皆甃以石，周長(zhǎng)1200余丈，四門，計(jì)費(fèi)銀七千余兩。
官三（成）民七（成），越明年工乃竣”。
自此，黃岡也稱甕城，即潮州府重要軍事拱城，捍衛(wèi)東南海疆。
明嘉靖二十八年（1549年），潮州府于黃岡設(shè)海防館。
明嘉靖四十年（1561年），黃岡增設(shè)通判一名，并移潮州右營(yíng)到此鎮(zhèn)守。
清順治元年（1644年）年間，饒鎮(zhèn)總兵吳六奇又重建黃岡城。
城垣再度加厚加固，圍650丈，高1丈余，城墻堅(jiān)固倍昔，但城的規(guī)模比舊城縮小近半。
清康熙三年（1664年），政府下令饒平隆眼城、宣化、信寧三都居民內(nèi)遷50里，并拆毀黃岡城（大城所也同時(shí)拆），從此黃岡城荒廢八年。
清康熙八年（1669年），始準(zhǔn)內(nèi)遷移民回籍復(fù)業(yè)。
清康熙十一年（1672年），潮州知府宋徵壁再次重建黃岡城。
城仍分4門，東門在今百貨商場(chǎng)東向地方，城垣從菜場(chǎng)頂繞環(huán)城路經(jīng)北門、西門、南門、沿丁末路至今百貨商場(chǎng)相接，成一橢圓形。
清代，設(shè)潮鎮(zhèn)黃岡協(xié)左右兩營(yíng)，左營(yíng)設(shè)副將、都司、守備各一員，千總二、把總四，兵578名，馬58匹；清末，柘林司也設(shè)在黃岡東門內(nèi)。
民國(guó)十七年（1928年），黃岡始立政區(qū)。
民國(guó)二十九年（1940年）建鎮(zhèn)，民國(guó)時(shí)期，黃岡鎮(zhèn)一直為饒平三鎮(zhèn)之一。
1950年曾為黃岡區(qū)，下轄山楚、霞繞、區(qū)北、大河、大新、鴻江、鴻程、林村、東界、汫洲10個(gè)鄉(xiāng)和黃岡鎮(zhèn)。
1951年8月饒平縣人民政府在黃岡鎮(zhèn)設(shè)立辦事處，黃岡單獨(dú)設(shè)鎮(zhèn)，下設(shè)6個(gè)辦事處。
1953年1月饒平縣治由三饒鎮(zhèn)遷此，黃岡鎮(zhèn)成為了饒平縣縣城鎮(zhèn)。
1958年9月，黃岡、鳳江、汫洲、聯(lián)山合并成立鳳江人民公社，1959年6月又從鳳江人民公社析出，成立黃岡人民公社。
1983年恢復(fù)黃岡鎮(zhèn)人民政府建制。
1986年9月，東界的仙春、碧崗兩鄉(xiāng)和鳳洲區(qū)并入黃岡鎮(zhèn)。
鎮(zhèn)政府駐地原置于丁未路黃岡蔡厝祠內(nèi)，1997年改駐地于黃岡鎮(zhèn)沿河北路。