“南山”名稱啟用于明代以前。
曾為東莞郡、東莞縣、寶安縣、新安縣治所。
唐代在此建屯門鎮(zhèn)。
宋稱屯門砦（音：寨）。
明洪武三年（1370），為抵御海盜、倭寇的侵?jǐn)_，在此建東莞守御千戶所，筑城于城子崗，始稱南頭城，并改屯門砦為南頭寨。
明萬歷元年（1573），從東莞縣分設(shè)新安縣，治南頭寨。
清康熙五年（1666）到康熙七年（1668），朝廷令東南沿海居民內(nèi)遷50里（后增至80里），地處沿海的新安縣被遷界后，地域空曠，人口銳減，新安縣被裁撤入東莞縣。
康熙八年（1669年）取消遷界令后，又置新安縣仍治此，屬廣州府。
1914年因與河南省新安縣同名，改稱寶安縣。
1953年~1955年，縣治從南頭移深圳，南頭設(shè)區(qū)，屬寶安縣，轄南山、蛇口、新西、沙河等鄉(xiāng)。
1958年3月撤區(qū)并鄉(xiāng)，改南頭區(qū)為南頭鄉(xiāng)；10月，南頭鄉(xiāng)、西鄉(xiāng)鄉(xiāng)、石巖鄉(xiāng)和蛇口漁民小鄉(xiāng)合設(shè)超英公社。
1959年撤超英公社，設(shè)西海水產(chǎn)公社和南頭公社。
1960年南頭公社分設(shè)西鄉(xiāng)公社。
1961年7月南頭公社分設(shè)石巖公社。
1963年1月石巖公社并入南頭公社。
1975年8月南頭公社復(fù)分出石巖公社。
1979年1月境內(nèi)設(shè)全國第一個對外開發(fā)區(qū)蛇口工業(yè)區(qū)，寶安縣改稱深圳市。
1980年8月建立深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)，南山地域在經(jīng)濟(jì)特區(qū)范圍內(nèi)。
1981年撤區(qū)并入深圳市羅湖區(qū)，改設(shè)羅湖區(qū)南頭街道。
1983年6月分設(shè)南頭管理區(qū)（縣級區(qū)），為市政府的派出機構(gòu)。
1984年8月分出部分地區(qū)設(shè)蛇口管理區(qū)。
1990年1月撤蛇口管理區(qū)，轄地并入南頭管理區(qū)設(shè)南山區(qū)，名稱沿用至今。