清以前屬廣東南澳深澳區(qū)，稱三澳鄉(xiāng)。
1946年屬深澳鄉(xiāng)，稱村。
1953年為漁業(yè)生產(chǎn)大隊(duì)。
1969年改稱村革命委員會(huì)。
1975年-1984年，二澳村民陸續(xù)遷至三澳村，1980年為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)大隊(duì)。
1984年與吳平寨合為一個(gè)鄉(xiāng)，1986年稱拆分稱三澳村民委員會(huì)。
1991年稱三澳管理區(qū)，1998年改稱三澳村委會(huì)，2004年村居規(guī)模調(diào)整與吳平寨合并為東陽村委會(huì)，撤銷三澳村委會(huì)。
2017年撤銷東陽村民委員會(huì)，三澳、吳平寨村再次分設(shè)，成立三澳村民委員會(huì)，并沿用至今。