九溪澳村清屬福建省詔安縣青澳區(qū)，稱九歸鄉(xiāng)。
1914年屬廣東省南澳縣第一區(qū)（深澳、青澳），稱九歸漏村。
1952年屬第二區(qū)青澳鄉(xiāng)合作社，稱九溪澳生產大隊。
1969年稱九溪澳村革命委員會，1980年恢復生產大隊，1986年屬云澳鎮(zhèn)，稱九溪澳村民委員會。
2004年村居調整規(guī)模與九溪澳村委會合并稱溪蘭村委會，撤銷九溪澳村委會。
2017年撤銷溪蘭村民委員會，后蘭、九溪澳村再次分設，成立九溪澳村民委員會，并沿用至今。