深澳鎮(zhèn)有古城之稱(chēng)，因自明萬(wàn)歷四年（1576年）詔設(shè)協(xié)守漳、潮等處專(zhuān)駐南澳副總兵。
明清二朝歷任正副總兵172任。
直至民國(guó)二十二年（1933年），深澳鎮(zhèn)是南澳縣城所在地。
1950年3月，成立深澳鄉(xiāng)農(nóng)會(huì)。
同年11月設(shè)深澳鄉(xiāng)行政委員會(huì)。
1952年，成立深澳鄉(xiāng)人民政府。
1958年9月，成立南澳縣公社，深澳設(shè)管理區(qū)。
1961年，建立深澳公社。
1968年，并入云澳公社，改稱(chēng)深澳大隊(duì)革命委員會(huì)。
1980年6月，拆出，改為深澳公社。
1983年，稱(chēng)深澳區(qū)。
1986年，置深澳鎮(zhèn)。