先后隸屬于南海郡番禺地（秦）、博羅縣（漢三國）、寶安縣（東晉咸和6年至唐全德二年）東莞縣（唐全德二年至明歷歷元年）、新安縣（明萬歷元年至清康熙五年）、東莞縣（清康熙五年至清末）、寶安縣（民國至中華人民共和國成立前）。
1949年10月至1951年屬惠陽縣第四區(qū)；1951年11月至1957年11月屬惠陽縣第七區(qū)；1957年12月至1958年3月屬惠陽大鵬鄉(xiāng)；1958年3月1958年11月屬惠陽縣大鵬公社；1958年11月至1983年7月屬寶安縣大鵬公社；1983年7月至1986年10月屬寶安縣大鵬區(qū)；1986年10月至1993年1月屬寶安縣大鵬鎮(zhèn)；1993年1月至2004年8月屬深圳市龍崗區(qū)大鵬鎮(zhèn)；2004年8月至2011年11月29日屬龍崗區(qū)大鵬街道，2011年12月30日，大鵬新區(qū)成立后，此處歸屬大鵬新區(qū)大鵬辦事處。
2004年9月設立時經深圳市龍崗區(qū)民政局批準，定名為水頭社區(qū)居民委員會，名稱沿用至今。