始建于順治元年（公元1644），因蘇氏先祖應(yīng)啟公率領(lǐng)同鄉(xiāng)人南遷至此從事鹽業(yè)、漁業(yè)，后陸續(xù)有李氏十四祖子捷公等南遷聚集而形成。
解放前為惠陽（二區(qū)）澳萬鄉(xiāng)媽廟村，1953年改為澳頭區(qū)公所（八區(qū)）媽廟鄉(xiāng)，1958年為澳頭公社媽廟大隊(duì)，1966年改為澳頭公社建新大隊(duì)，1982年為澳頭區(qū)媽廟鄉(xiāng)，1985年為澳頭區(qū)媽廟管理區(qū)，1987年為澳頭鎮(zhèn)媽廟管理區(qū)，1993年為澳頭辦事處媽廟管理區(qū)，1999年為澳頭辦事處媽廟村，2008年為澳頭街道辦事處媽廟村委會(huì)，地名沿用至今。