宋代時(shí)南崗村稱永寧鄉(xiāng)。
秦氏先祖在唐代曾封永寧侯，后世卜居（“卜居”二字是從南崗始祖墓碑上得來的）在南崗建村，遂以為名，后改稱南崗。
在清康熙至光緒年間屬番禺鹿步司南崗堡。
民國20年（1931）為番禺縣五區(qū)南崗堡鄉(xiāng)所轄。
民國35年（1946），整編保甲，南崗村屬番禺縣五區(qū)南崗堡鄉(xiāng)。
1950年4月，番禺設(shè)8區(qū)1鎮(zhèn)時(shí)，南崗屬番禺五區(qū)南崗鄉(xiāng)所轄。
1953年4月，番禺行政區(qū)改為小區(qū)小鄉(xiāng)建制，南崗、蘿崗、黃陂3個(gè)小區(qū)19個(gè)小鄉(xiāng)劃為番禺七區(qū)。
南崗地區(qū)分6個(gè)小鄉(xiāng)。
1955年10月，番禺縣七區(qū)改稱番禺縣蘿崗區(qū)。
南崗鄉(xiāng)屬蘿崗區(qū)管轄。
1957年2月，番禺縣撤區(qū)并鄉(xiāng)，番禺蘿崗區(qū)分為蘿崗、南崗、黃陂3個(gè)大鄉(xiāng)，南崗大鄉(xiāng)設(shè)14個(gè)高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社。
1958年春，南崗大鄉(xiāng)劃入廣州市郊區(qū)管轄，南崗大鄉(xiāng)的14個(gè)高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社合并為五個(gè)大社，原南崗鄉(xiāng)改稱南崗社，各自然村隸屬南崗社管轄。
在農(nóng)村人民公社化高潮中，南崗、蘿崗、黃陂3個(gè)大鄉(xiāng)合并為蘿崗人民公社，隸屬廣州市郊區(qū)管轄。
1960年4月，南崗生產(chǎn)大隊(duì)歸新成立的黃埔區(qū)南崗人民公社管轄。
1961年，南崗生產(chǎn)大隊(duì)分為西生產(chǎn)大隊(duì)和東生產(chǎn)大隊(duì)。
1962年8月，西生產(chǎn)大隊(duì)和東生產(chǎn)大隊(duì)又合并為南崗生產(chǎn)大隊(duì)，下設(shè)26個(gè)生產(chǎn)隊(duì)，歸廣州市郊區(qū)蘿崗人民公社管轄。
1975年7月，廣州市郊區(qū)蘿崗人民公社又劃分為蘿崗人民公社和南崗人民公社，蘿崗人民公社歸廣州市郊區(qū)管轄，南崗人民公社歸廣州市黃埔區(qū)管轄，南崗生產(chǎn)大隊(duì)劃歸黃埔區(qū)南崗人民公社管轄。
1984年，黃埔區(qū)南崗人民公社改稱南崗區(qū)公所，南崗生產(chǎn)大隊(duì)改稱為南崗鄉(xiāng)人民政府，歸黃埔區(qū)南崗區(qū)公所管轄。
1987年3月，南崗區(qū)公所改稱南崗鎮(zhèn)，下設(shè)7個(gè)村民委員會(huì)，南崗鄉(xiāng)人民政府改稱為南崗村民委員會(huì)。
至2002年8月1日，黃埔區(qū)撤鎮(zhèn)設(shè)街，南崗村民委員會(huì)撤銷，設(shè)立南崗社區(qū)居民委員會(huì)并沿用至今。