秦朝至建國初期，南崗鎮(zhèn)屬番禺縣管轄。
清康熙年間，縣以下設司、都、堡、圖，南崗地區(qū)為番禺縣鹿步司轄下的南崗堡、七社堡。
清光緒年間，改司、堡、圖為鄉(xiāng)、村，南崗、七社2個堡的建置隸屬不變。
民國20年（1931年），番禺縣原鹿步司分為四、五2個區(qū)，南崗、七社2個鄉(xiāng)為番禺縣五區(qū)所轄。
1950年，番禺縣設8區(qū)1鎮(zhèn)時，南崗地區(qū)仍為五區(qū)所轄。
1953年，南崗地區(qū)劃為6個小鄉(xiāng)（廟頭鄉(xiāng)、夏南鄉(xiāng)、沙步鄉(xiāng)、南崗鄉(xiāng)、筆崗鄉(xiāng)、滄聯(lián)鄉(xiāng)），屬番禺縣蘿崗區(qū)管轄。
1957年，6個小鄉(xiāng)合并為南崗大鄉(xiāng)。
1958年，廣州市擴大城市區(qū)域，南崗大鄉(xiāng)劃入廣州市，隸屬廣州市郊區(qū)管轄。
同年，劃入廣州市郊區(qū)蘿崗人民公社管轄。
1960～1962年間，劃入黃埔區(qū)管轄。
之后恢復原狀。
1975年7月，從蘿崗人民公社劃出廟頭、南基、沙步、南崗、夏園、筆崗、滄聯(lián)7個生產(chǎn)大隊，成立南崗人民公社，隸屬廣州市黃埔區(qū)管轄。
1983年，撤銷人民公社建制，建立南崗區(qū)公所。
1987年3月，撤銷區(qū)公所建制，成立南崗鎮(zhèn)。
鎮(zhèn)黨政機關設在廣州市黃埔東路3731號。
2002年8月，根據(jù)省政府辦公廳有關通知精神，實行撤鎮(zhèn)建街。
原南崗鎮(zhèn)改設為荔聯(lián)、南崗、穗東3個行政街，劃分為15個社區(qū)，相應設置15個社區(qū)，從此結束了南崗鎮(zhèn)的歷史。