漢朝屬番禺縣管轄，隋朝屬南海縣轄，宋代以后屬番禺、南海分轄。
清康熙二十五年（1686），劃出南海、番禺兩縣部分區(qū)域置縣，因地處花山而定名為花縣，隸屬廣州府。
1914年，花縣屬粵海道。
1920年，由廣東省直轄。
1936年，歸省第一行政督察區(qū)。
抗戰(zhàn)爆發(fā)后，隸西江行署。
1943年，復(fù)歸第一行政督察區(qū)。
1947年，改屬省政府直屬督察區(qū)。
1949年10月，花縣解放，劃屬北江專區(qū)，同年12月隸屬珠江專區(qū)。
1952年屬粵北行政區(qū)。
1956年屬佛山專區(qū)。
1958年11月，廣州郊區(qū)部分人民公社劃歸花縣并改名“廣北縣”。
1959年3月，復(fù)名花縣。
1960年4月，劃為廣州市屬縣。
1993年6月，撤縣設(shè)市，設(shè)花都市（縣級(jí)），由廣東省直轄，廣州市代管。
2000年，撤市設(shè)區(qū)，設(shè)花都區(qū)，自命名后沿用至今。