1543年立嶼仔村。
1950年屬六區(qū)大化鄉(xiāng)。
1952年由嶼仔、下山、屏風山、東都、山邊、鳳來、溪山、金山八個自然村組成，設置嶼溪鄉(xiāng)。
1953年屬赤坑區(qū)。
1956年與高大鄉(xiāng)合并設置赤坑區(qū)高嶼鄉(xiāng)。
1958年設嶼溪大隊。
1978年由嶼溪大隊析出下山、屏風山、東都、山邊、鳳來五個自然村組建東山大隊。
1984年東山大隊又并入嶼溪大隊改設赤坑區(qū)嶼溪鄉(xiāng)。
1987年改為嶼溪村委會。
1989年改為嶼溪管理區(qū)辦事處。
1998年改設為嶼仔村委會會。
后由嶼溪村委會析出，設嶼仔村委會，一直沿用至今。