清代，屬茭塘司的大嶺堡和圣堂堡。
清末及民國時，屬崗尾社鄉(xiāng)。
1949年10月，為禺南東區(qū)鄉(xiāng)辦事處駐地。
1950年5月，改為第二區(qū)。
1953年春，二區(qū)分為三區(qū)和四區(qū)，石樓為三區(qū)駐地。
1955年秋，改稱石樓區(qū)。
1958年10月，三個大鄉(xiāng)并為石樓團(tuán)；同年12月，為石樓基層公社。
1959年3月，為石樓公社；同時析出蓮花山和化龍兩個公社。
1984年，為石樓區(qū)。
1987年，石樓區(qū)改為石樓鎮(zhèn)。
2002年3月，蓮花山鎮(zhèn)并入石樓鎮(zhèn)。