清朝同治十三年（1874年），屬河源縣永順都許村約。
民國二十九年（1940年），屬第二區(qū)，稱船塘鄉(xiāng)。
民國三十七年（1948年）5月，成立河西區(qū)行政委員會，成為河源縣革命游擊根據(jù)地之一。
民國三十八年（1949年）6月，屬河源縣人民政府第一區(qū)，稱船塘鄉(xiāng)。
1958年，成立船塘人民公社。
1978年，船塘公社分為船塘、三河、黃沙3個公社。
1983年，撤公社改稱為船塘區(qū)。
1987年，設船塘鎮(zhèn)。
1988年，隸屬河源市郊區(qū)。
1993年，屬東源縣。
2003年，三河鎮(zhèn)、黃沙鎮(zhèn)并入船塘鎮(zhèn)。