據(jù)明朝萬歷四十三年（1615）編纂的《雷州府志》記載，今赤坎區(qū)境內(nèi)，稱赤坎埠，建有文章東村、文章西村，距縣城20里。
清代，赤坎漸成繁華港埠，自然形成大通、福建、高州、潮州、南興、藥行等街區(qū)。
同時(shí)成立高州、潮州、雷陽、閩浙、廣府5大會(huì)館以及商務(wù)分會(huì)、同鄉(xiāng)會(huì)、行業(yè)公會(huì)等民間組織，處理朝廷民間商務(wù)及朝廷行業(yè)之間的關(guān)系事宜。
清代，順治十三年（1656），頒布了《禁海令》，至康熙三年（1664），清廷屢次“海禁”、“遷界”，赤坎埠幾近廢棄；康熙二十四年（1685），清廷宣布“開海貿(mào)易”，赤坎埠等10個(gè)港口設(shè)立貿(mào)易口岸；光緒二十六年（1900），清廷批準(zhǔn)《廣州灣租借條約》，租期99年。
從此，赤坎淪為法租借地，被劃為廣州灣“四區(qū)”之一；宣統(tǒng)三年（1911），廣州灣頒布《東法總督改組廣州灣行政及司法之命令》，廢除區(qū)制，采用“代表制”；廢麻斜市，設(shè)西營(yíng)、赤坎市。
民國(guó)三十四年（1945），國(guó)民政府收回廣州灣，設(shè)立湛江市，分置赤坎區(qū)公所，實(shí)行保甲制至1949年12月。
中華人民共和國(guó)成立后，于1950年11月，赤坎區(qū)人民政府(市政府派出機(jī)構(gòu))成立；1953年9月，湛江市撤銷中共赤坎區(qū)，把東山、調(diào)順、百姓3個(gè)鄉(xiāng)劃歸湛江市潮滿區(qū)管轄;撤銷中山、海萍兩個(gè)街道，成立赤坎中心街道；1958年1月，設(shè)赤坎辦事處；1984年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立赤坎區(qū)，為湛江市轄縣級(jí)區(qū)。