自秦始皇三十三年（前214年）設置番禺縣后，鐘落潭一直屬番禺縣管轄。
清代，鐘落潭地區(qū)屬慕德里司流溪都赤逕堡管轄。
民國時，鐘落潭為番禺縣第七區(qū)所在地。
中華人民共和國后，鐘落潭先屬禺北辦事處管轄，后為番禺縣第八區(qū)。
1958年1月，禺北地區(qū)劃歸廣州市，成為廣州郊區(qū)的一部分。
1958年8月，成立鐘落潭人民公社。
1987年，改為鐘落潭鎮(zhèn)。
2004年6月，因白云區(qū)鎮(zhèn)級行政區(qū)劃調整，新鐘落潭鎮(zhèn)由原鐘落潭、竹料、良田、九佛四鎮(zhèn)合并而成。
2005年4月，因廣州市行政區(qū)劃再次調整，原九佛鎮(zhèn)被劃入新成立的蘿崗區(qū)，現在的鐘落潭鎮(zhèn)范圍主要由原鐘落潭、竹料、良田三鎮(zhèn)組成。