清道光年間，屬慕德里司番禺縣轄。
民國二十年（1931年），番禺撤司設區(qū)，石馬隸屬第六區(qū)均和聯(lián)鄉(xiāng)管轄。
1949年，屬禺北辦事處管理。
1950年，屬番禺六區(qū)管轄。
1952年12月番禺禺北進行調整，原番禺第六區(qū)改為第八區(qū)，以村建立小鄉(xiāng)，石馬劃入石馬鄉(xiāng)管轄。
1958年1月，劃歸廣州市郊區(qū)管轄，石馬鄉(xiāng)改稱石馬大隊，屬三元里人民公社。
1961年屬嘉禾人民公社。
1962年11月，重新劃歸三元里公社。
1984年2月公社撤銷，改名石馬鄉(xiāng)政府。
1987年撤石馬鄉(xiāng)政府設立為石馬村民委員會。
2002年7月由村改居，撤石馬村委會，設立石馬德圣、石馬鴻圖、石馬西橋、均禾四個居委會。