自秦、漢時縣境屬臨洮縣地，歸隴西郡所轄；三國時縣初屬魏雍州地，仍設(shè)隴西洮陽縣，旋改為秦州隴右郡臨洮縣。
以后西晉、東晉、十六國、前秦、南北朝、北周、隋唐至明洪武年間，歷代建置廢置變更頻繁。
明永樂十六年（1418），朝廷受卓尼吐蕃后裔頭人些地為土官指揮僉事，管理部分番族部落，實行土司制。
清乾隆改衛(wèi)為廳，土司仍沿明制。
1913年，甘肅省政府作出了取締土司制度的決定，卓尼轄地歸臨潭縣統(tǒng)領(lǐng)，但民國政府改土歸流的政策未動搖土司的統(tǒng)治地位。
1937年，“博峪事件”爆發(fā)，卓尼設(shè)治局成立。
1944年，洮岷路保安司令部接受整編，第一個非土司制的國家行政建置始在卓尼立足，與兼理軍政之洮岷路保安司令部并駕齊驅(qū)，隸屬于甘肅省第一行政督察區(qū)，專員公署設(shè)在岷縣。
1949年9月11日卓尼轄區(qū)解放，1950年楊復(fù)興宣布廢除土司制度，1950年5月25日，設(shè)置卓尼自治區(qū)建制，直屬甘肅省。
1955年8月25日，卓尼自治區(qū)改為卓尼縣，沿用至今。