1949年文縣解放，1951年全縣調(diào)整為6區(qū)46鄉(xiāng)，屬碧口區(qū)肖家鄉(xiāng)轄。
1953年6月全縣調(diào)整為9區(qū)70鄉(xiāng)，仍屬碧口區(qū)肖家鄉(xiāng)轄。
1955年10月合并區(qū)、鄉(xiāng)機(jī)構(gòu)后，今肖家溝村仍屬肖家鄉(xiāng)轄。
1958年12月成立碧口公社，為碧口公社肖家溝大隊(duì)。
1961年公社劃小，為中廟公社肖家溝大隊(duì)。
1983年10月中廟公社改為中廟鄉(xiāng)，屬中廟鄉(xiāng)轄。
1984年4月肖家溝大隊(duì)改為肖家溝村，村下建合作社。
1986年設(shè)立肖家溝村村民委員會(huì)，所屬合作社改稱村民小組。
2016年中廟鄉(xiāng)改為中廟鎮(zhèn)，屬中廟鎮(zhèn)。