1949年文縣解放，1951年全縣調(diào)整為6區(qū)46鄉(xiāng)，屬石坊區(qū)石雞壩鄉(xiāng)轄。
1953年6月全縣調(diào)整為9區(qū)70鄉(xiāng)，楊楞干村與水磨溝村合并為水磨溝村，屬中寨區(qū)陶家灣鄉(xiāng)轄。
1956年陶家灣鄉(xiāng)與安昌河鄉(xiāng)合并為石雞壩鄉(xiāng)，今水磨溝村屬之。
1958年4月石雞壩鄉(xiāng)并入哈南鄉(xiāng)，今水磨溝村隨之并入；12月成立石坊公社，為石坊公社水磨溝大隊(duì)。
1961年公社劃小，為石雞壩公社水磨溝大隊(duì)。
1983年10月石雞壩公社改為石雞壩鄉(xiāng)，屬石雞壩鄉(xiāng)轄。
1984年4月水磨溝大隊(duì)改為水磨溝村，村下建合作社。
1986年設(shè)立水磨溝村民委員會(huì)，所屬合作社改稱(chēng)村民小組。
2016年1月石雞壩鄉(xiāng)改為石雞壩鎮(zhèn)，屬石雞壩鎮(zhèn)轄。