碧玉鄉(xiāng)所轄的新城和下店子由于歷史原因曾有過多次變革，除碧玉上店子一直保留在通渭縣管轄之外，下店子和新城在清朝以前一直屬于秦安縣管轄，民國二年（1913年）將下店子和新城劃歸通渭縣管轄，在上店子設碧玉鎮(zhèn)；民國二十三年（1934年）又將下店子和新城劃歸秦安縣管轄；1951年再次將下店子和新城劃歸通渭縣碧玉鎮(zhèn)管轄，現(xiàn)在的碧玉關改名碧玉鄉(xiāng)碧玉村（含下店子）。
1983年為碧玉村村民委員會。
2017年8月7日撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，屬碧玉鎮(zhèn)至今。