元代時(shí)期，賽什斯鎮(zhèn)境域?qū)偾f浪縣。
明代時(shí)期，莊浪縣改莊浪衛(wèi)。
清乾隆十八年(1753年)，莊浪茶馬同知管轄。
民國(guó)元年（1912年）后，由平番縣管轄，屬甘涼道。
民國(guó)三年（1914年），屬莊浪茶馬理番同知。
民國(guó)二十五（1936年），屬永登縣連城鎮(zhèn)。
1949年10月，為永登縣賽什斯藏族鄉(xiāng)、古城鄉(xiāng)。
1956年12月，劃歸天祝藏族自治縣，屬莫科區(qū)。
1958年12月，為古城公社的古城大隊(duì)、克岔大隊(duì)和土城牧場(chǎng)。
1962年7月，為古城、野狐川、克岔、大灘公社和土城牧場(chǎng)，屬古城區(qū)。
1968年10月，為衛(wèi)東公社、永紅公社和衛(wèi)東牧場(chǎng)。
1971年8月，為古城公社、土城牧場(chǎng)。
1983年5月，撤銷公社，設(shè)大灘、古城、賽什斯、土城鄉(xiāng)，屬莫科區(qū)。
1985年10月，大灘、古城、賽什斯鄉(xiāng)及土城牧場(chǎng)合并為賽什斯鄉(xiāng)。
2002年8月，撤鄉(xiāng)建賽什斯鎮(zhèn)。