祁豐藏族原居西康，元時征戰(zhàn)到祁連山北麓，后變兵為民定居此地，史稱東樂克（東納）部族。
1949年以前，屬酒泉縣管轄。
1954年，劃歸肅南縣，改稱祁豐區(qū)。
1971年，將祁豐區(qū)所轄祁連、祁林2公社劃歸酒泉縣，祁青、祁文2公社劃歸嘉峪關市，區(qū)制撤銷。
1972年，復歸肅南縣轄，并恢復祁豐區(qū)，轄祁林、祁連、祁文、祁青4鄉(xiāng)13行政村。
2004年11月，全縣進行行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷祁豐區(qū)，將原轄4鄉(xiāng)合并為祁豐藏族鄉(xiāng)。