新中國(guó)成立前，屬于部落頭領(lǐng)管轄，主要有亞拉格和賀郎格兩大部落統(tǒng)管。
1950年2月，明花鄉(xiāng)與祁連直屬鄉(xiāng)合并設(shè)立祁明區(qū)，下設(shè)五個(gè)鄉(xiāng)，屬現(xiàn)酒泉市肅州區(qū)管轄。
其中在明花鄉(xiāng)有明海鄉(xiāng)和蓮花鄉(xiāng)（含前灘）。
1954年肅南裕固族自治縣成立時(shí)，劃歸肅南縣，同年單獨(dú)設(shè)立明花區(qū)，轄明海、蓮花、前灘三個(gè)鄉(xiāng)。
1958年改稱紅星人民公社，轄前灘、明海、蓮花三個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)。
1959年與祁豐合并設(shè)立祁明人民公社，1960年夏與祁豐分離設(shè)立雙海人民公社。
1961年雙海人民公社分設(shè)明海、蓮花（含前灘）兩個(gè)公社。
1962年機(jī)構(gòu)調(diào)整后復(fù)設(shè)明花區(qū)公署，轄前灘、明海、蓮花三個(gè)人民公社，1967年更名為南泥灣區(qū)，1971年恢復(fù)原名稱，區(qū)公署仍然設(shè)在蓮花鄉(xiāng)黃土坡村境內(nèi)。
2001年12月區(qū)公署搬遷到明海鄉(xiāng)許三灣村。
2004年12月撤區(qū)并鄉(xiāng)，撤銷(xiāo)明花區(qū)公署，將原明花區(qū)的明海鄉(xiāng)、蓮花鄉(xiāng)、前灘鄉(xiāng)合并為明花鄉(xiāng)。
2011年11月25日明花鄉(xiāng)人民政府搬遷至許三灣村。