西漢至十六國(guó)“五涼”時(shí)期，柏樹鎮(zhèn)境域?qū)傥渫す藐翱h。
北魏至隋初，屬武威郡林中縣。
唐宋年間，分歸姑臧縣和神鳥縣。
元時(shí)，屬永昌路西涼州。
明清時(shí)期，先后歸涼州衛(wèi)和武威縣。
民國(guó)元年（1912年）后，屬武威縣金塔鄉(xiāng)。
1949年9月后，屬金塔區(qū)。
1952年7月，屬第二區(qū)（金塔）。
1956年1月，為柏樹鄉(xiāng)。
1958年10月，中心、柏樹鄉(xiāng)合并成立金塔公社。
1962年，成立柏樹公社。
1983年7月，設(shè)柏樹鄉(xiāng)。
2018年3月，撤鄉(xiāng)，設(shè)柏樹鎮(zhèn)。