遠(yuǎn)在春秋戰(zhàn)國時(shí)期，合作就是古西羌首領(lǐng)無戈爰劍建立羌族政權(quán)的北塞重鎮(zhèn)。
中唐時(shí)期，西北游牧民族吐谷渾在北距合作80千米的枹罕地區(qū)建都立國，并開辟打通了歷史上著名的西連西域、西藏和印度，南接中原和西蜀的“絲綢南路”。
清代以后，合作曾一度被稱為“黑措”，系藏語音譯，又稱“羚城”，意為羚羊出沒的地方。
清雍正朝時(shí)屬蘭州府循化廳管理下的南番二十一寨中的黑措寨。
清道光二十五年（1845），黑措四溝的藏族人民在當(dāng)?shù)赝凉俸椴紕偩�、束奴突巴的率領(lǐng)下起義，失敗后，黑措和美武被劃入洮州廳轄區(qū)，中華民國時(shí)被劃歸夏河，編為夏河設(shè)治局第四區(qū)。
1953年，甘南藏族自治區(qū)（后改為州）成立時(shí)，就選定了四周崗阜羅列，低山環(huán)抱，地勢平坦寬闊的沉積盆地黑措為州府駐地。
1954年，由甘肅省設(shè)計(jì)公司對城區(qū)建設(shè)作了初規(guī)劃后，于1955年開始全面建設(shè)。
1956年5月，州人民委員會所屬部分機(jī)關(guān)率先從夏河拉卜楞遷來此地辦公，鎮(zhèn)名亦同時(shí)改為合作。
1996年6月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，甘肅省人民政府正式通知設(shè)立合作市，經(jīng)過一年的籌備，合作市于1998年1月1日正式掛牌運(yùn)作。