秦時(shí)，平潭屬閩中郡。
漢武帝元鼎五年(前112年)，屬會稽郡南部都尉。
三國吳景帝永安三年(260年)，屬建安郡侯官縣。
隋大業(yè)三年(607年)，屬建安郡閩縣。
唐天寶元年(742年)，屬江南東道長樂郡福唐縣。
五代開運(yùn)元年(944年)，屬東都福清縣。
南宋景炎元年(1276年)，屬福安府福清縣。
明洪武元年(1368年)，屬福州府福清縣。
清雍正八年(1730年)，福清縣丞移設(shè)于平潭。
清嘉慶三年(1798年)，置平潭海防廳，直屬福州府。
1912年，廢廳置平潭縣，仍屬福州府。
建縣后，縣域隸屬關(guān)系多次變更。
初屬東路道，平潭劃為21區(qū)。
1926年，設(shè)3區(qū)。
1927年廢道直屬省轄。
1931年設(shè)5區(qū)轄15鄉(xiāng)。
1937年劃3區(qū)設(shè)24個聯(lián)保。
1943年，全縣改設(shè)2鎮(zhèn)5鄉(xiāng)89保。
1947年，設(shè)2鎮(zhèn)5鄉(xiāng)92保。
1949年9月16日，平潭解放。
9月23日成立縣人民政府，屬福建省人民政府第四行政專員公署管轄。
設(shè)1鎮(zhèn)3區(qū)，潭城鎮(zhèn)，駐地城關(guān)；一區(qū)區(qū)公所駐地后旺久；二區(qū)區(qū)公所駐地北厝；三區(qū)區(qū)公所駐地蘇澳。
1949年10月中華人民共和國成立后，平潭仍屬第四專署。
1950年4月專署改稱閩侯專員公署，設(shè)4個區(qū)公所。
1956年6月，閩侯專區(qū)撤銷，平潭屬晉江專區(qū)。
同年7月21日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，將大扁島(面積4.8平方千米)劃歸福清縣轄，設(shè)中樓、蘇澳、北厝3個區(qū)和潭城鎮(zhèn)。
1958年4月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，全縣劃分為1鎮(zhèn)15鄉(xiāng)，8月建立平潭縣人民公社，設(shè)4個分社。
1961年7月，全縣劃分為12個人民公社。
1984年9月撤銷公社建制，成立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，全縣設(shè)3鎮(zhèn)、12鄉(xiāng)。
1995年底全縣設(shè)5鎮(zhèn)、10鄉(xiāng)。
2011年末轄潭城、蘇澳、澳前、北厝、流水、平原、敖東7個鎮(zhèn)，嵐城、中樓、白青、南海、嶼頭、大練、東庠、蘆洋8個鄉(xiāng)，共15個鄉(xiāng)級政區(qū)；下設(shè)25個居民委員會，192個村民委員會。
2013年7月，平潭綜合實(shí)驗(yàn)區(qū)獲得并行使設(shè)區(qū)市經(jīng)濟(jì)社會管理權(quán)限，是福建省直管的地級行政管理區(qū)。
平潭縣與平潭綜合實(shí)驗(yàn)區(qū)實(shí)行“政區(qū)合一”（行政區(qū)和實(shí)驗(yàn)區(qū)）的管理體制。