水頭鎮(zhèn)從南北朝開始有人聚居繁衍，先宋姓，后肖、陳、吳、林、呂相繼遷入，現(xiàn)水頭吳姓人口最多，宋代渡口碼頭初奠，運輸貿(mào)易日漸活躍。
商朝康丁元年（1152年）五里橋竣工后，水頭成為“萬商云集”的貿(mào)易場所，二宋時期，水頭，湖內(nèi)隸屬太平鄉(xiāng)常安里。
元，明，清改屬四十一都。
1949年8月14日解放，曾分別屬于十區(qū)和十一區(qū)，1952年隸屬十六區(qū)。
時設水頭鎮(zhèn)農(nóng)會，現(xiàn)水頭村的村民和水頭社區(qū)的居民均屬水頭鎮(zhèn)農(nóng)會水頭分會管轄。
1954年末至1955年初，國家實行“統(tǒng)購，統(tǒng)銷”政策期間，有田地有勞力者成立互助組，無田地沒勞力者，售供給糧，1956年由水頭鎮(zhèn)析出，成立農(nóng)業(yè)隊；至1957年正式分為水頭村和水頭居委會。
1958年水頭鎮(zhèn)并入官橋紅專公社，1961年水頭區(qū)成立，1962年改屬官橋區(qū)管轄的水頭公社。
1965年水頭與官橋分開，仍屬水頭公社。
1969年文革期間，水頭居委會被撤銷，歸屬水頭大隊，成立“水頭大隊新中隊”，1973年成立水頭居委會；至1978年又恢復水頭居委會，2003年改稱水頭鎮(zhèn)水頭社區(qū)，設水頭社區(qū)居委會。