南嶼鎮(zhèn)位于閩侯縣南部，旗山東麓，大樟溪西畔，東隔樟溪與南通鄉(xiāng)相望，東北與福州市南臺島相對，西南與永泰縣葛嶺塘前鄉(xiāng)接壤，北連上街鎮(zhèn)，面積170.5平方公里。下轄23個行政村、1個居民委員會，2000年計有16205戶，56305人。鎮(zhèn)政府駐地南旗村。
因錦溪橫貫境內(nèi)，南畔為南嶼而得名，北岸為北嶼（亦稱水西）。宋時分屬侯官縣修仁鄉(xiāng)海平里、靈鳳里、綏平里、遷蝗里，五芝鄉(xiāng)閩光里，三秀里，清政里、吉壤里，西孝悌鄉(xiāng)惠化里，揚名里。元明屬三都、四都、五都、六都、七都、九都、十二都。清屬三都、四都、五都、六都、七都、九都、十一都。清末為南嶼區(qū)。民國29年分為鏡堯鄉(xiāng)、窗龍鄉(xiāng)、兩嶼鎮(zhèn)、芝峰鄉(xiāng)、浦口鄉(xiāng)，均屬第三區(qū)。民國34年為南嶼鄉(xiāng)，民國37年為南嶼鎮(zhèn)屬南嶼區(qū)。1949年9月后屬林森縣第五區(qū)，1956年南嶼區(qū)，1958年5月為南嶼鎮(zhèn)，9月改稱南嶼人民公社。1962年10月恢復(fù)區(qū)建制，1964年9月撤區(qū)并社，仍為南嶼人民公社。1984年7月撤公社，設(shè)立南嶼鎮(zhèn)。.