明清時期稱岐陽鄉(xiāng)，清末民初稱“合北里東岐鄉(xiāng)”屬閩侯縣管轄。
民國時屬林森縣閩亭鎮(zhèn)管轄。
解放后，東岐先后隸屬閩侯縣第三區(qū)、馬尾區(qū)和亭江區(qū)。
1956年東岐高級社，1958年東岐大隊，1961年12月改屬福州市郊區(qū)。
1963年1月至1969年11月為亭江區(qū)閩安公社東岐大隊，1971年3月隸屬福州市馬江區(qū)亭江公社。
1975年5月又改屬福州市郊區(qū)亭江公社。
1984年9月為福州市郊區(qū)亭江鄉(xiāng)東岐村。
1988年12月至1995年11月為福州市郊區(qū)亭江鎮(zhèn)東岐村，1995年11月改屬福州市馬尾區(qū)亭江鎮(zhèn)。