琴亭村的建制沿著時(shí)代發(fā)展不斷變革，唐時(shí)隸屬于閩縣。
宋、元至明代中葉屬懷安縣。
明代下葉和清代歸屬侯官縣。
清末，屬侯官縣西園區(qū)。
民國時(shí)期，屬閩侯（林森）縣五區(qū)（新店區(qū)）。
中華人民共和國成立后，1949年12月屬福州市洪山區(qū)。
1952年底屬新店區(qū)。
1955年5月屬戰(zhàn)坂鄉(xiāng)。
1958年9月屬新店人民公社。
1960年3月重建新店區(qū)、改為勝利生產(chǎn)隊(duì)。
1969年11月區(qū)公所改為公社戰(zhàn)坂大隊(duì)勝利生產(chǎn)隊(duì)。
1970年2月屬紅衛(wèi)(鼓樓)區(qū)戰(zhàn)坂大隊(duì)勝利生產(chǎn)隊(duì)。
1975年5月屬福州郊區(qū)磐石大隊(duì)琴亭生產(chǎn)隊(duì)。
1982年8月復(fù)歸福州郊區(qū)磐石大隊(duì)琴亭生產(chǎn)隊(duì)。
1984年9月廢社建鄉(xiāng)為新店鄉(xiāng)琴亭村委會(huì)。
1992年至今屬新店鎮(zhèn)。
琴亭村委會(huì)設(shè)在東浦路村中段位置。