清宣統(tǒng)三年（1911年），設(shè)馬家鄉(xiāng)。
民國二十年（1931年），馬家鄉(xiāng)析置黃龍、倒灌、金雞、高洞4鄉(xiāng)。
民國二十四年（1935年），馬家、倒灌、高洞合并為太極聯(lián)保。
民國二十九年（1940年），太極聯(lián)保改為高洞鄉(xiāng)。
民國三十年（1941年），從高洞鄉(xiāng)析置馬灌鄉(xiāng)。
1958年，馬灌鄉(xiāng)改為馬灌公社。
1984年，馬灌公社改為馬灌鄉(xiāng)。
1992年7月，馬灌鄉(xiāng)、倒灌鄉(xiāng)合并為馬灌鎮(zhèn)。
2006年3月2日，高洞鄉(xiāng)、黃欽鄉(xiāng)并入馬灌鎮(zhèn)。