巫山縣早在五千年前便為人類所開發(fā)，境域?qū)偾G、梁二州之城。
春秋為夔子國地；戰(zhàn)國時，建設(shè)巫郡。
秦昭襄王三十年（前277年）廢巫郡，置巫縣，隸屬黔中郡。
西漢時，巫縣屬南郡。
東漢延康元年（220年）隸屬新城郡。
三國吳永安三年（260年）以巫縣為郡治，置建平都，領(lǐng)巫縣、北井等6縣。
西晉泰康元年（280年）增置江陰縣（今大昌公社）；東晉又置南陵縣。
南朝·宋元嘉時省南陵縣入巫縣；北周因避文帝之諱，改泰昌縣為大昌縣，并分建平郡之大昌、北井2縣置永昌郡；天和元年（566年）北井縣入大昌縣，廢永昌郡，建平郡增置江陰縣，廢建德。
隋開皇三年（583年）置建平都，改巫縣為巫山縣；大業(yè)年間巫山、大昌2縣屬巴東郡。
唐時，巫山縣、大昌縣隸屬夔州，為山南東道所轄。
北宋端拱元年（988年）大昌縣改屬大寧監(jiān)；南宋嘉定八年（1215年）移至水口監(jiān)。
元至元二十年（1283年）大昌縣并入大寧州。
明洪武四年（1371年）復(fù)置水口監(jiān)，后因民少，并入大寧縣；永樂初（1403年）復(fù)置大昌縣，改屬夔州府。
清康熙九年（1670年）大昌縣并入巫山縣。
1912年后，巫山縣隸屬四川省東川道，縣下分設(shè)東、南、西、北4個鄉(xiāng)區(qū)。
1935年廢道，巫山縣屬四川省第九行政督察區(qū)，縣下設(shè)3區(qū)、18鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）、242個保、2980個甲。
1949年12月2日巫山解放，屬川東行署萬縣專區(qū)所轄，縣以下設(shè)1鎮(zhèn)、4區(qū)、18鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1952年3月，湖北省建始縣的銅鼓鄉(xiāng)劃入巫山縣，全縣分為9個區(qū)（序數(shù)名），一個鎮(zhèn)，22個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1953年4月，撤銷川東行署，恢復(fù)四川省，巫山隸于四川省萬縣專區(qū)；全縣22個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）劃為60鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）；同年九月，大鄉(xiāng)劃小鄉(xiāng)，又將60個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）劃為140個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1955年2月，原七區(qū)（今福田）、八區(qū)（今雙龍）并入二區(qū)（今大昌），同時改序數(shù)區(qū)名為中和、大昌、大廟、官渡、河梁、騾坪、官陽7個區(qū)；同年，將140個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）合并為62個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1956年4月，全縣調(diào)整為53個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1957年2月，又調(diào)整為57個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1958年10月，人民公社化，全縣共成立33個人民公社。
1961年4月，從大昌劃出部分區(qū)域置雙龍區(qū)，同時增劃24個人民公社。
1962年5月，從大昌區(qū)析出部分區(qū)域增設(shè)福田區(qū)，又增劃7個人民公社。
1979年4月，恢復(fù)區(qū)公所名稱，1980年9月，產(chǎn)生了人民公社管委會，縣設(shè)置人大常委會，縣革命委員會改為縣人民政府。
1981年6月，對全縣在地區(qū)內(nèi)重名的12個區(qū)、社、鎮(zhèn)和縣內(nèi)重名的128個生產(chǎn)大隊(duì)以及巫峽鎮(zhèn)的居委會、街道變更了名稱。
1984年4月，恢復(fù)鄉(xiāng)、村建制，將64個人民公社改為64個鄉(xiāng)，其名稱不變。
1985年2月，將大昌鄉(xiāng)改為大昌鎮(zhèn)，廟宇鄉(xiāng)改為廟宇鎮(zhèn)，實(shí)行鎮(zhèn)管村。
1987年10月，秀峰區(qū)的秀峰鄉(xiāng)撤銷，所管區(qū)域合并巫峽鎮(zhèn)，實(shí)行鎮(zhèn)管村。
1991年3月，巫山縣轄9區(qū)、61鄉(xiāng)、3鎮(zhèn)（巫峽、大昌、廟宇）、565個村民委員會、4614個村民小組、10個居民委員會、73個居民小組。
1992年10月，巫山行政區(qū)劃作較大調(diào)整，撤銷3個區(qū)公所（福田、大昌、大廟）、34個鄉(xiāng)，新建8個鎮(zhèn)（雙龍、福田、龍溪、官陽、騾坪、抱龍、官渡、銅鼓），擴(kuò)大8個鄉(xiāng)、3個鎮(zhèn)的行政區(qū)域，保留6個區(qū)公所、19個鄉(xiāng)。
將現(xiàn)有9個區(qū)、61個鄉(xiāng)、3個鎮(zhèn)調(diào)整為6個區(qū)公所、27個鄉(xiāng)、11個鎮(zhèn)，共設(shè)38個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
1995年9月，巫山縣新建10個鄉(xiāng)，調(diào)整后，為6個區(qū)、11個鎮(zhèn)、37個鄉(xiāng)、566個村、4614個村民小組、18個居委會、73個居民小組。
2002年12月31日，撤銷巫山縣鄧家鄉(xiāng)和紅椿鄉(xiāng)，設(shè)立鄧家土家族鄉(xiāng)和紅椿土家族鄉(xiāng)。
2003年11月，調(diào)整為11鎮(zhèn)、30鄉(xiāng)，撤銷洛陽、雪花、大山、鴛鴦、望霞、五龍、何淌7個鄉(xiāng)。
2004年6月至2005年3月，巫山縣的鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制由41個鄉(xiāng)鎮(zhèn)調(diào)整為26個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
其中，撤銷了15個鄉(xiāng)，調(diào)整了8個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)行政轄區(qū)范圍，3個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)行政轄區(qū)范圍和政府駐地不變。
2005年5月，巫山縣轄11個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)、315個村、2427個社、27個居委會。
2009年8月，廟堂鄉(xiāng)所轄區(qū)域整體劃歸平河鄉(xiāng)管轄，調(diào)整后的平河鄉(xiāng)面積133.8平方千米，轄6個村，鄉(xiāng)政府駐燕翅膀（原址）；調(diào)整后，巫山縣共轄25個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，其中14個鄉(xiāng)、11個鎮(zhèn)、308個村、30個居委會。
2011年7月，撤銷龍井鄉(xiāng)，調(diào)整巫峽鎮(zhèn)范圍，設(shè)立高唐街道和龍門街道。
巫山縣共轄26個鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道），其中11個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)、2個街道。
一直沿用至今。