民國時期屬百順鄉(xiāng)第5保。
1951年屬里仁鄉(xiāng)三元村；1953年8月三元村劃入斑竹鄉(xiāng)，仍為三元村；1954年1月撤斑竹鄉(xiāng)并入里仁鄉(xiāng)，轄三元村；1958年9月為里仁公社三元管區(qū)；1961年改稱三元大隊；1964年7月撤里仁公社并入鴨江公社，為鴨江公社三元大隊；1984年1月撤鴨江公社建鴨江鄉(xiāng)，為該鄉(xiāng)三元村；1992年9月撤鴨江鄉(xiāng)設置鴨江鎮(zhèn)，仍轄三元村；2004年6月斑竹村并入三元村。
三元村村民委員會于2004年村鎮(zhèn)建制調(diào)整中成立，地名沿用至今。